Antes de chegar ao cargo de vice-prefeito, João Paulo de Souza construiu sua trajetória dentro da própria estrutura da Prefeitura de Várzea Paulista. A entrada no serviço público aconteceu ainda no governo de Juvenal Rossi, na área de planejamento, onde iniciou como diretor de projetos até assumir a secretaria da pasta, com atuação voltada à organização orçamentária e ao acompanhamento financeiro do município.

A mudança de gestão marcou também uma mudança de posição. Já no governo do prefeito Rodolfo Braga, João Paulo assumiu a Secretaria de Governo e Administração, área responsável pela articulação interna da Prefeitura e pelo acompanhamento direto das ações da gestão.

Foi nesse contexto que passou a atuar mais próximo da condução do governo. Durante o período mais crítico da saúde, acumulou também a Secretaria de Saúde, função que exerceu por 14 meses. À frente da pasta, acompanhou a reorganização do fluxo de atendimento da UPA, a ampliação do programa Melhor em Casa e a extensão do horário de funcionamento das unidades básicas de saúde da Promeca e da Vila Real, ações que elevaram o nível de satisfação da população com a saúde.

Paralelamente, esteve envolvido no acompanhamento das obras do novo hospital e maternidade, desde as etapas iniciais até a conclusão da estrutura, em conjunto com as equipes das áreas de infraestrutura e saúde, um dos principais projetos da gestão na área.

Em 2024, foi escolhido por Rodolfo para compor a chapa como vice-prefeito, consolidando uma relação construída ao longo da gestão. Com a eleição vencida com 91,09% dos votos válidos, passou a exercer o cargo mantendo presença direta no acompanhamento das ações do governo.

Ao longo do mandato, participou do acompanhamento de projetos e obras em diferentes áreas da administração, incluindo iniciativas habitacionais da CDHU, a construção e inauguração da Escola do Futuro e intervenções urbanas como o Parque da Família.

João Paulo segue envolvido em etapas importantes da administração, como a fase de implantação do hospital e a viabilização de convênios junto ao governo do Estado. E mesmo com a agenda cheia na prefeitura, João Paulo passou  a ampliar sua presença em agendas públicas, participando de compromissos não apenas em Várzea Paulista, mas também em municípios da região, acompanhando o prefeito e representando a gestão em diferentes frentes.

Ao longo desse percurso, João Paulo mantém atuação direta nas agendas e projetos do governo municipal, ao lado do prefeito, ao mesmo tempo em que amplia sua presença em compromissos na região e passa a ocupar espaço no cenário político local.